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标题: Linux下用PBS驱动Fastran并行计算 [打印本页]

作者： even2004 标题:Linux下用PBS驱动Fastran并行计算 时间： 2009/05/06/10:22
一、为什么需要用PBS驱动Fastran做并行计算
Fastran软件在linux下也有图形界面，如果使用单节点（比如微机）做并行计算，直接在图形界面下设置即可，完全用不着PBS这么复杂。但如果用的是多节点服务器，用图形界面做计算的问题就出来了：首先，软件一般装在根节点，用图形界面做计算没办法调用其他节点，而根节点主要是用于管理的，通常不希望根节点过多承担计算任务；其次，为了系统安全，系统管理员通常会禁用所有软件的图形界面；最后，用PBS管理计算任务，可以保证资源更加合理的利用。
二、使用PBS驱动Fastran做并行计算的准备工作
熟悉Fastran软件的基本操作；待计算的例子是有多个分区的（Fastran软件中一个分区最多只能有一个CPU核心参与计算。当然，一个CPU核心可以承担多个分区的计算任务）；设置ssh协议保证能实现无密码访问计算节点；系统内安装有PBS软件（目前有Open PBS是免费的。收费的PBS软件的技术人员会帮你调通软件，故不需看本帖）并会简单编写和使用PBS脚本。
三、使用PBS驱动FASTRAN并行计算的关键
1、用图形界面完成FASTRAN的常规设置；2、在图形界面的run页框中选择并行计算，然后并行设置按钮会变成可用，点击之将弹出并行设置页面；3、在并行设置页面中先添加一个host（随便什么名字都没关系，PBS会自动分配CPU的），并按照你希望的CPU数量将该host添加到计算域中。注意，每一个添加进来的CPU必须拥有独立的临时文件存储路径以避免在输出时因抢占文件资源出错，点击自动分配分区（不满意时可手动分配以确保负载基本平衡），然后点Ok退出并行设置页面；4、存盘，并将设定好的算例拷贝到合适的位置（可以在Windows下完成设置然后拷贝到linux下使用，但拷贝时注意要用你自己的账号打开FTP传文件——这算是linux使用的基本常识吧？！）；5、象建立普通PBS脚本那样建立一个PBS脚本（不熟悉的话可以拷贝一个其他任务的PBS脚步，修改其中执行任务的那个命令行、路径、需要的节点数和每个节点的CPU核心数即可），将其中执行任务的那个命令行写为CFD-FASTRAN-SOLVER -pbs -dtf mydtf.dtf（注意，其中有三个空格，最后那个dtf文件就是你已在图形界面下完成并行CPU数量设置的算例文件）；6、执行PBS脚本，LUCKY！